合同纠纷是社会经济当中常见的法律问题，而在解决纠纷时，法院会采取一系列措施来保障当事人的权益。其中一个重要的措施就是对有关档案进行冻结。那么，合同纠纷发生后，法院是否会冻结档案呢？本文将从法律角度对此问题进行探讨。

首先，根据我国《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，法院可以依法冻结被告财产。这其中包括股权、房产等财产形式，但是否包含合同档案并没有明确规定。因此，在进行合同纠纷诉讼时，法院不会主动冻结合同档案。但是，在特定情况下，法院可以依法采取措施保全有关证据。

其次，如果原告在起诉之前可以提供充分的证据证明合同的存在以及损失的发生，那么法院可能会基于这一证据来判断冻结合同档案的必要性。毕竟，如果合同档案被销毁或者丢失，将给合同纠纷的定性和赔偿的确定带来很大的困难。

此外，有些合同纠纷涉及到商业秘密、专利权等重要利益，这类合同所对应的档案也相对重要。因此，在相关法律规定下，如果原告可以证明冻结合同档案对于保护其权益是必要的，法院也可能会采取冻结措施。

需要注意的是，即使法院冻结了合同档案，仍然需要有第三方机构或者公证处进行存储，以保证档案的安全性和完整性。否则，即便冻结了档案，一旦遭受人为破坏或丢失，那么法院也无法依据档案进行纠纷的判断和赔偿的确定。

综上所述，法院在处理合同纠纷时，并不会主动冻结合同档案。但是在某些情况下，例如合同证据不充分或者涉及到重要利益的合同纠纷，法院可能会采取冻结措施。而且在冻结档案过程中，需要有第三方机构进行存储，以确保档案的安全性和完整性。当事人在合同签订时应当注意保留相关证据，以免在纠纷发生时无法提供有效证据。