一般来说，法院查封合同是有效的。法院查封是指法院为了执行判决、裁定或者其他执行事项，依照执行法和相关规定，对被执行人的财产采取限制措施，以确保债务的履行。而查封合同，则是法院与被查封财产的权利人签署的一种协议，用于确认双方的权益和责任。

首先，查封合同是法院执行程序的一部分，具有法律效力。根据我国《执行程序法》第四十九条的规定，被执行人对执行完毕的财产有异议的，可以向执行法院申请解封；权利人对查封财产不服的，可以向执行法院申请变更或解除查封。这就意味着法院查封合同的效力受到法律保障，一旦签订，双方都必须履行合同中的内容。

其次，查封合同依法确认了权利人的权益。当法院对被执行人的财产进行查封时，权利人可以通过与法院签订查封合同，确认自己对被查封财产的所有权或者债权关系。这样一来，权利人就可以通过后续的执行程序，实现对财产的处置或者处分。同时，查封合同还可以保障权利人的合法权益，避免被执行人对财产进行转移或者变卖。

然而，虽然法院查封合同是有效的，但是也存在一些限制和风险。首先，法院查封合同是在执行程序中签订的，受到法院的监管和约束。一旦双方达成了解封的协议，就需要向法院提出解封申请，并经过法院的审查和批准。如果法院认为解封不符合法律规定，或者违反了双方之前的约定，就有可能被法院驳回。

其次，法院查封合同的效力也受到法律限制。根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释》第一百四十六条的规定，法院查封的财产，不得附义务和限制权利的条件。这就意味着，查封合同不得附加任何限制、义务或者附属条件。如果查封合同中存在不符合法律规定的内容，那么这部分内容就无效。

总的来说，法院查封合同是有效的，可以确保法院执行的顺利进行，并保障权利人的权益。但是，双方在签订查封合同时也需注意法律规定和合同内容的合法性，以免因为违法规定而导致合同无效。