法院查封车辆后，车辆所有权发生变动，过户需要在一定程序下进行，而如果被查封的车辆还存在抵押情况，就需要更多的审批和手续才能完成过户。

首先，在车辆被法院查封后，车主失去了车辆的处分权，也就是不能再将车辆私自转让给他人，包括过户。这时，唯一的办法就是通过法院解除查封，重新取回车辆所有权，然后再进行过户。

法院解除查封车辆的过程通常分为两个阶段：一是车辆司法拍卖阶段，二是法院处理阶段。

在车辆司法拍卖阶段，法院会通过公告等方式将被查封车辆进行拍卖，以变现来执行法院的判决。车辆拍卖的详细规定可以通过法院的公告或者相关法律法规了解到。如果车辆在拍卖过程中被成功售出，那么原车主可以从拍卖款中获得相应的赔偿金额。同时，车辆的抵押权也会随着车辆所有权的变更而解除。

在法院处理阶段，如果车辆在拍卖过程中未能成功售出，法院将会继续处理车辆的所有权归属问题。车主在这个阶段可以向法院提出解除查封申请，请求重新取回车辆所有权。

如果被查封车辆存在抵押情况，车主在提出解除查封申请时，还需要提供和抵押权人之间的协议，说明车辆所有权变更后的还款责任划分等。法院会仔细审查这些材料，并根据具体情况做出判决。

如果法院判决解除查封并重新返还车辆所有权给原车主，那么过户就可以进行了。车主需要准备相关的过户手续，包括车辆合格证、车主身份证明等，前往车管所进行过户登记。

在过户登记中，车主还需要与抵押权人协商，完成有关还款责任的变更等手续。抵押权人会在过户登记时注销原抵押登记，并签署新的协议确认新的还款责任和条件。在完成这些手续后，过户就正式完成了。

需要注意的是，在整个过户过程中，车主需要与法院、车管所和抵押权人进行合作，提供准确、完整的材料，并且按照相关要求进行处理。如果不慎遗漏或违规操作，可能会导致过户失败或延误。

综上所述，法院查封车辆有抵押时的过户程序相对复杂，需要经过法院解除查封、重新取回所有权以及与抵押权人协商等步骤。只有按照相关程序、提供准确的材料并完成所有手续，才能顺利完成车辆过户。