法院能否在异地对商铺进行查封是一个常见的法律问题。在一些特定情况下，法院可以以特殊程序来异地查封商铺。

首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，法院有权对当事人的财产实施保全措施，其中包括查封。而《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的解释》明确指出，在以下情况下，法院可以异地查封商铺：

1. 被执行人或其财产在异地；

2. 案件管辖地与被执行财产所在地距离较远且造成执行困难；

3. 被执行人有转移、隐匿财产的风险；

4. 具备其他正当理由。

其次，法院在异地查封商铺时需要履行一定的程序。法院通常会先向案件管辖地的法院申请异地查封，并提供充分的证据和相关材料。如果案件管辖地的法院认可了申请，它将通过信函等形式通知异地法院，异地法院会根据通知执行查封程序。

需要注意的是，异地查封商铺可能面临诸多实际困难和法律风险。一方面，异地查封需要加大司法资源的投入，并可能带来额外的费用和时间成本。另一方面，由于涉及异地司法协助等问题，执行效果可能不如在本地查封，被执行人有较大的逃避和抗拒风险。

因此，在实际操作中，法院会综合考虑各种因素来决定是否采取异地查封措施。如果可以选择其他更为便捷和有效的执行方式，法院可能会倾向于采取其他措施。

总的来说，法院能够异地查封商铺，但需要满足特定条件和程序，并考虑到实际的可行性和效果。在具体案件中，被执行人和其它相关当事人应该充分了解并遵守法院的决定和要求。