法院冻结公司账户是执行法律裁决的一种强制措施，旨在确保债务人履行法律义务。这个问题经常困扰着许多企业和个人，在执行过程中担心会对自己的资金造成影响。

首先，我们需要明确一点：法院冻结公司账户并不意味着直接扣款。冻结账户只是限制账户所有人对其中的资金进行支配或转移，以达到保全债权的目的。具体扣款还需要依靠法院批准的相关手续。

当法院冻结了公司的账户，银行将会执行这一决定，并冻结相应的金额。但实际上，冻结的资金仍然属于公司所有，只是暂时无法使用。这样做是为了确保执行裁决的效力，防止被执行人擅自挪用资金或将其转移到其他账户中逃避债务。

冻结期间，公司可以向法院提出解除冻结申请，但必须提供充分的证据来证明该账户上的资金并非归债务人所有，或者该款项并非涉及执行案件的债务范围。法院将根据申请人的提供的证据，决定是否解除冻结。

需要注意的是，即使账户被冻结，公司对债权人的债务仍然存在。如果在执行过程中，法院裁决要求扣款，银行将根据法院的通知执行相应的划拨操作。这时候，冻结的资金将会被扣除用于偿还债务。

我们可以看出，法院冻结公司账户和直接扣款是两个不同的概念。冻结只是一种限制措施，而扣款是具体的划拨资金行为。当然，在实际执行过程中，冻结账户可能最终会导致部分资金被扣款。但这种情况需要遵循法律程序，经过法庭审理并取得相应的判决。

总结起来，法院冻结公司账户并不会直接扣款，而是限制账户所有人对其中的资金进行支配或转移。具体扣款需要依靠法院判决并经过相关手续。因此，如果公司账户被冻结，对于债务人来说，最重要的是积极应对、合理申辩，并尽早解冻账户以恢复正常运营。