法院正在执行的款项是否可以冻结是一个备受争议的问题。在一些情况下，法院确实有权对正在执行的款项进行冻结，以保证债权人的利益不受损害。然而，在其他情况下，法院可能会认为冻结执行款项违背了被执行人的合法权益。

首先，我们需要明确的是，执行款项的冻结是根据法律规定和上级法院的判决来执行的。在某些特定情况下，执行款项的冻结是合法有效的，例如被执行人已经有了逃避执行的迹象或者行为，这时法院可以采取相应措施以确保本次执行的顺利进行。此外，如果被执行人故意或恶意转移财产以逃避执行，法院也可以冻结其财产，以防止其进一步违反执行要求。

然而，对于一些较为复杂的案件来说，冻结执行款项就需要谨慎考虑了。这涉及到被执行人的合法权益和需要履行的义务。如果冻结执行款项导致被执行人无法正常经营或者支付其他合法债务，那么法院可能会认为这种冻结是不合理的。因此，在执行款项冻结时，法院需要权衡被执行人和债权人的权益，并根据实际情况进行判断。

总的来说，法院在执行款项冻结问题上需要考虑多个方面的因素。一方面，保证债权人的利益得到保护，另一方面也要确保被执行人的合法权益不受损害。在实际操作中，法院会按照相关法律规定，并参考类似案例的判决结果，从而做出适当的决定。

最后，我们必须明确指出，在具体执行过程中，执行案件的具体情况会对是否冻结执行款项产生重大影响。因此，无论是债权人还是被执行人，都应在合法、公正的基础上行使自己的权益和义务，避免不必要的纠纷和执法困难。