在处理财产纠纷中，法院查封股金是一种常见的措施。当法院判决需要对某个公司或个人的股权进行查封时，被查封的股金应该交由相关部门管理。

根据我国《民事诉讼法》第226条规定，法院查封股金的管理部门为被执行人住所地或者其他财产所在地基层人民法院，也就是说具体要交由县级人民法院或者市辖区人民法院来管理。这些法院会成立专门的资产管理部门或执行处，负责接收、保管和管理被查封的股金。

被查封的股金按照法院指定的方式进行保管，以确保执行程序的公正与透明。一般情况下，执行法官会制作查封清单，并注明查封股金的数量、种类、金额等信息。同时，还会给予被执行人相应的凭证，以备将来取回股金使用。

一旦股金被查封，被执行人无法自由处置这些股金。直到案件结案或法院解除查封决定，股金才能够解除查封并恢复被执行人的权利。

需要特别注意的是，被查封的股金是通过法院程序进行保管和管理的，任何个人或机构都不得擅自使用或转移这些股金。如果有人在未经法院批准的情况下挪用被查封的股金，将会面临相关的法律责任。

综上所述，法院查封股金应当交由被执行人住所地或者其他财产所在地基层人民法院的资产管理部门或执行处进行管理，以确保资金安全和案件公正进行。