宅基地是农村土地资源的重要组成部分，为农民提供了良好的居住环境和发展机会。在农村，很多人选择利用自有的宅基地自建房屋，以满足自己的居住需求。

然而，在一些特殊情况下，自建房屋可能会面临法律问题。例如，如果自建房屋存在违法建设行为，或者未经批准擅自拆除、改造宅基地，可能引起相关部门的关注和处理。

根据《中华人民共和国宅基地条例》第三十九条的规定，法院有权对违法建设的房屋进行查封。这意味着当法院认定某处自建房屋存在违法行为时，可以采取查封措施来限制该房屋的使用权。

宅基地自建房被法院查封后，房屋所有权人将无法正常居住或使用该房屋。查封期间，禁止对房屋进行出租、销售、变卖等交易行为。同时，需要承担相应的责任和处罚，包括罚款、恢复原状、拆除等。

在面对宅基地自建房被法院查封的情况时，房屋所有权人可以通过以下途径来处理：

首先，应及时了解相关法律法规和政策。有关宅基地自建房屋的法律法规比较复杂，需要专业知识进行解读。了解规定并主动配合执法部门的工作，有助于更好地维护自己的权益。

其次，与执法部门积极沟通协商。当自建房屋被查封时，可以与执法部门进行沟通，了解具体查封原因、期限和解封条件等。如果存在误解或不当处理的情况，可以提出合理的申诉或上诉。

最后，根据执法部门的要求，采取积极的整改措施。如果查封是由于自建房屋存在违法行为造成的，应积极主动整改，消除违法问题，并提供相关证明材料。通过积极合规的表现，有可能缩短查封期限或解除查封。

总之，宅基地自建房被法院查封是一种严重的法律问题，需要引起重视。房屋所有权人在面对此类情况时，应了解相关法律法规，与执法部门进行积极沟通和整改，以保护自己的合法权益。