法院自诉案件是指由法院以国家的名义或公共利益的角度提起的刑事诉讼。在这种案件中，法院代表社会对犯罪行为进行起诉并追究刑事责任。

在刑事诉讼过程中，财产保全是一项重要的措施。财产保全旨在确保被告在案件审理期间不将其财产转移、隐藏或销毁，以便在最后判决时能够执行修复性赔偿或处罚相应的款项。

然而，对于法院自诉案件来说，能否进行财产保全存在一定的争议。一方面，财产保全是针对被告的，而在自诉案件中，被告通常是公共机构或者官员，他们可能拥有广泛的权力和资源，这使得财产保全的有效性受到了质疑。

另一方面，财产保全的实施需要相关程序和证据。对于法院自诉案件来说，因为是法院主动提起的，所以往往没有经过正式的调查程序，也没有获得充分的证据支持。在这种情况下，如何确定被告的财产情况和需要保全的具体金额就成为了一个难题。

尽管存在这些争议，但在实践中，法院自诉案件仍然可以进行财产保全。虽然可能面临一定的困难，但通过采取一些特殊的措施，如查封、扣押被告财产，或者要求被告提供担保等，财产保全仍然可以在自诉案件中有效实施。

值得一提的是，与普通刑事案件相比，在法院自诉案件中，财产保全更多地依赖于法院的自由裁量权。根据具体的案情和法律规定，法院可以根据需要灵活运用财产保全措施，并在判决时进行相应的处理和救济。

综上所述，尽管法院自诉案件能否进行财产保全存在一定的争议和困难，但在实践中，通过采取合适的措施和运用法院的自由裁量权，财产保全仍然可以在法院自诉案件中发挥一定的作用。