农村房屋在法律上有一定特殊性，因此农村房屋是否可以被法院查封是一个有争议的问题。根据我国相关法律法规的规定，农村房屋可以被法院查封，但有一些特殊情况下可能存在限制。

首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第195条的规定，法院可以对涉及房屋的民事纠纷进行查封。这也包括农村房屋。如果农村房屋与土地相关的权益发生争议，当事人可以向法院申请查封农村房屋来保护自己的合法权益。

其次，根据《中华人民共和国农村土地承包法》等法律规定，土地承包经营权只能依法转让、继承、赠与或者以其他方式确认，不能依法变相买卖。也就是说，农村房屋作为土地的附着物，在土地流转过程中是有限制的。按照以上法规，在土地流转过程中，将农村房屋作为交易标的物类似于土地流转的一部分。当土地流转过程中发生糾紛时，法院有权对纠纷涉及的农村房屋进行查封。

然而，尽管法律规定了法院可对农村房屋进行查封，但是在实际操作中还需要考虑到一些特殊情况。例如，在某些地区或特定情况下，农村房屋可能具有家庭成员居住需要、群众的基本安居需求等特殊因素。此时，法院会权衡公共利益与个人权益之间的关系，并根据实际情况来决定是否对农村房屋进行查封。

总结来说，根据我国相关法律规定，农村房屋可以被法院查封。然而，在实际操作中需要考虑到土地承包经营权的特殊性以及农村居民的特殊需求，法院会根据具体情况来判断是否对农村房屋进行查封。