在司法实践中，经常会遇到这样的情况：法院在执行程序中查封了某处厂房，然而之后才发现，该厂房在查封之前已经转让给了第三人。这就涉及到法院查封和厂房转让之间的法律关系问题，需要结合相关法律法规和司法解释进行分析，以确定法院查封的效力和厂房转让的效力。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十四条规定：“人民法院查封、扣押财产，应当向被执行人、占有人或者财产保管人告知查封、扣押的原因、内容和违反法律后果。被执行人是法人或者其他组织的，人民法院应当将其查封、扣押财产的情况于三日内在执行场所、被执行人住所地、被执行人注册地或者被执行人的主要经营地公告。人民法院查封、扣押财产，被执行人是公民的，应当将其查封、扣押财产的情况通知被执行人所在地的居民委员会、村民委员会。”

根据上述法律规定，法院在查封财产时，应当履行向被执行人、占有人或者财产保管人告知的义务，并且在被执行人是法人或者其他组织的，应当在规定时间内进行公告。这些程序性的要求，目的是为了保障相关当事人的知情权和申辩权，确保法院的执行行为合法、合理。

在法院查封财产之后，如果发现该财产在查封之前已经转让给了第三人，那么需要分析转让行为的有效性。根据《中华人民共和国合同法》第七十四条规定：“因抵押人未履行到期债务，抵押权人可与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖该抵押物所得的价款优先受偿。抵押权人与抵押人未就抵押物折价或者拍卖、变卖抵押物所得的价款数额优先受偿权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押物。抵押物折价或者拍卖、变卖抵押物所得的价款，应当按照下列顺序清偿：(一)抵押物的保管费用、定金和抵押权实现的费用；(二)抵押债权；(三)抵押人其他债权。拍卖、变卖抵押物所得的价款超过前款规定的数额，抵押人有权要求抵押权人返还；抵押物折价或者拍卖、变卖抵押物所得的价款不足清偿前款规定的数额，抵押权人有权要求抵押人清偿。”

根据上述法律规定，抵押权人可以与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖的方式实现抵押权，如果双方未达成协议，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押物。在清偿顺序上，首先清偿抵押物的保管费用、定金和抵押权实现的费用，其次清偿抵押债权，最后清偿抵押人的其他债权。如果拍卖、变卖抵押物所得的价款超过清偿数额，抵押人有权要求抵押权人返还；如果不足清偿，抵押权人可以要求抵押人继续清偿。

在司法实践中，法院查封厂房之后，如果发现厂房在查封之前已经转让给了第三人，那么需要分析转让行为的性质。如果转让行为是善意的，即受让人不知道或者不应当知道该厂房已经被法院查封，那么转让行为一般应当认定有效。因为受让人善意取得厂房，法院的查封行为不应当影响受让人基于转让行为而享有的权利。

但是，如果转让行为是恶意的，即受让人知道或者应当知道该厂房已经被法院查封，那么转让行为可能被认定为无效。因为受让人恶意取得厂房，其行为侵害了法院的查封权，也侵害了其他债权人的合法权益。在这种情况下，法院可以裁定撤销转让行为，并继续对厂房进行查封和执行。

需要注意的是，法院在判断转让行为的善意或者恶意时，应当全面分析受让人的主观意图和客观行为。如果受让人有隐瞒、欺骗或者串通等行为，可以认定其具有恶意；如果受让人有合理理由相信转让行为是善意的，则可以认定其具有善意。

此外，在法院查封厂房之后，如果发现厂房在查封之前已经转让给了第三人，还需要考虑转让行为是否侵害了其他债权人的合法权益。如果转让行为导致其他债权人无法清偿债务，那么转让行为可能侵害了其他债权人的合法权益。在这种情况下，其他债权人可以向法院提起诉讼，要求撤销转让行为，并要求法院继续对厂房进行查封和执行，以保障自身合法权益。

综上所述，法院查封之前厂房已经转让，涉及到法院查封和厂房转让之间的法律关系问题。法院在查封财产时，应当履行必要的程序性义务，以保障相关当事人的合法权益。在分析转让行为的有效性时，需要区分善意转让和恶意转让，善意转让一般应当认定有效，而恶意转让可能被认定为无效。此外，还需要考虑转让行为是否侵害了其他债权人的合法权益。法院和相关当事人应当根据具体的案件情况和法律规定，妥善处理法院查封和厂房转让之间的法律关系，维护司法权威和法律公正。