法院有权冻结政府部门的补贴款

法院是国家司法机关，是司法权的唯一行使机关。依据宪法第126条的规定，法院按照审级分别行使审判权，最高人民法院是中华人民共和国的最高审判机关，地方各级人民法院和专门人民法院都是最高人民法院的派出机关，由此形成统一的国家司法体系，法院在我国司法体系中居于核心地位。

《民事诉讼法》第106条规定：“人民法院对于可能因当事人的行为或者其他原因，使判决不能执行或者难以执行的，可以根据当事人的申请或者依职权，裁定责令其提供担保。提供担保不当的，予以拘留、罚款。”

《行政诉讼法》第92条规定：“人民法院在受理行政案件后，可以根据当事人的申请或者依职权，采取保全措施，防止行政行为的执行或者继续执行，造成难以弥补的损害。保全措施限于责令被申请人提供担保或者责令被申请人停止执行或者继续执行行政行为。”

综合以上规定可知，法院在审理民事案件和行政案件时，均有权对当事人的财产采取保全措施，以防止当事人的行为或者其他原因，使判决或者行政裁决不能执行或者难以执行。

最高人民法院《关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第2条规定：“人民法院查封、扣押、冻结被执行人的财产，应当根据执行标的的种类、数量、价值等情况确定需要查封、扣押、冻结的财产。……”

最高人民法院《关于人民法院办理执行异议和执行复议案件若干问题的规定》第3条规定：“执行异议人、执行复议申请人不提供担保的，人民法院不予受理。”

由此可见，法院对当事人的财产采取保全措施，包括冻结财产，是基于保障判决或者行政裁决能够得到执行的目的而采取的强制措施。冻结被执行人的财产，可以有效防止其转移、隐匿财产，从而保障申请执行人合法权益的实现。法院冻结被执行人的财产，并不意味着剥夺其对财产的所有权，而是限制其对财产的处分权，待执行程序结束后，冻结的财产将依法解除冻结，返还给被执行人。

根据《行政诉讼法》第92条的规定，法院在采取保全措施时，应当根据个案的具体情况，综合考虑以下因素：一是保全措施是否必要。二是保全措施是否与行政行为的性质、内容和可能造成的损害相适应。三是保全措施是否会对申请人或者被申请人造成过度的负担。

在审理与政府部门之间的行政纠纷案件时，法院在决定是否冻结政府部门的补贴款时，应当综合考虑以下因素：

是否涉及国家安全、社会公共利益等重大利益。二是政府部门的补贴款的用途：补贴款是否用于公益事业或者民生保障。补贴款是否用于违法违规活动。补贴款是否用于政府部门的日常开支。补贴款是否用于政府部门的不正当竞争。 政府部门的补贴款是否已经实际使用。补贴款的使用是否已经产生了实际效果。补贴款的使用是否已经形成了不可逆转的后果。 政府部门是否有其他可供执行的财产。政府部门是否有能力筹集资金偿还债务。政府部门是否已经采取措施保障申请执行人的合法权益。

法院在对政府部门的补贴款采取保全措施时，应当注意以下问题：一是冻结补贴款的范围应当限于与本案有直接利害关系的部分。二是冻结补贴款的期限应当与本案的审理期限相适应。三是冻结补贴款的手续应当合法合规

综上所述，法院有权对政府部门的补贴款采取冻结等保全措施，但应当综合考虑本案的具体情况，充分权衡利弊，依法审慎采取，以保障申请执行人的合法权益，维护司法公正，促进社会和谐稳定。